Как свидетельствуют литературные источники, более или менее обстоятельное изучение озер Псковской области начинается в середине XIX века. Внимание ученых в это время привлекает крупнейшее озеро Псковской губернии - Псковско-Чудское. В 1851-1852 гг. Псковско-Чудской водоем иследовал академик К.М. Бэр, который возглавлял комиссию по изучению причин постепенного уменьшения уловов рыбы в озере. Им были составлены правила рыболовства на озере. Наряду с материалами по рыболовству, Бэр в своей работе приводит сведения о берегах, глубинах и грунтах водоема.
Геологическое исследование побережья Псковско-Чудского озера в 1861-1862 гг. проводил академик Г.П. Гельмерсен, одновременно собравший материалы о его режиме, глубинах и течениях. Большую работу по изучению гидрологии и гидрохимии Псковско-Чудского водоема в 1895 году проделали И.Е. Шпиндлер и А. Зенгбуш. Промеры, выполненные Шпиндлером, использовались позже для составления карты глубин.
В конце XIX века объектом изучения становятся малые озера. Д.Н. Анучин в 1894 году исследовал верховь Волги и Западной Двины. Он изучал, в частности, строение и происхождение озерных котловин и гидрологический режим таких озер области, как Жижицкое, Двинье, Велинское.
В 1904 году вышла работа В Лесеневского "Озера Витебской губернии Невельского уезда", в которой содержится большой фактический материал по строению озерных котловин Невельского, Большого и Малого Ивана, Завережья, Черствеца, Плиссы и других озер.
С целью определения доходности озер статотдел Псковской губернии (С.Г. Челищев, Н.М. Кисляков, В.И. Рудаков и О.А. Шкапский) в 1907-1908 гг.проделали большую работу по составлению кадастра водоемов губернии. Всего на территории Псковской губернии было учтено 1650 озер. Результаты работы обобщены в книге Д.А. Шкапского "Озера Псковской губернии" (1912), которая является первой полной сводкой данных об озерах. Она содержит ценные материалы по морфологии, морфометрии и ихтиофауне озер.
В начале XIX века исследования озер начинают приобретать комплексный характер. Так, в 1912 году организуется промысловая научная экспедиция по изучению Псковско-Чудского водоема с широкой программой исследований (руководитель И.Д. Кузнецов). Экспедиция изучала метеорологический, гидрологический режим, ихтиофауну и экономику озера. Богатый материал, собранный экспедицией, опубликован только частично.
Озера Себежского и Невельского районов в 1914-1918 гг. исследовала Витебская озерная экспедиция (руководитель И.Н. Анольд). Программой предусматривалось физико-географическое, биологическое и промысловое изучение наиболее типичных водоемов. Экспедиция обследовала озера: Невельское, Ущо, Большой и Малый Иван и др. Трудности военного времени не позволили опубликовать собранный материал.
В эти же годы А.П. Керман исследовал группу водоемов Невельского района (Алё, Язно, Шедино и др.) и составил карты глубин изученных озер.
Трудности периода 20-х годов XX века отразились и на изучении озер области. В это время главным образом обобщается и публикуется ранее собранный материал. Экспедиционные исследования озер вновь развернулись в 30-е годы. В 1933 году в области работают Ленинградская и Западная сапрпелевые экспедиции по изучению сапропелей группы озер Плюсского, Себежского и Пустошкинского районов. Следует отметить, что исследуемые озера изучались в тесной связи с окружающим ландшафтом. Экспидициями были собраны материалы о мощности и физико-химических свойствах донных отложений озер исследуемых районов.
Объектом изучения становится и Псковско-Чудское озеро, на котором в 1934 году работает комплексная экспедиция Государственного гидрологического института (руководитель А.А. Соколов). С 1935 года на Псковско-Чудском озере начинают работать экспедиции ВНИОРХа. Большой материал, собранный по озеру, был обобщен А.А. Соколовым в монографии "Чудско-Псковское озеро" (1941 г.)
В 1934-1935 гг. на озерах Пустошкинского района (Язно, Усвеча, Ясское, Верято, Свибло, Неведро) работала комплексная экспедиция ВНИОРХа (руководитель П.А. Дрягин). В экспедиции принимали участие гидролог, гидробиологи, ихтиологи. Она собрала интересный материал о природе исследованных озер.
Систематическое исследование малых озер южных районов области проводило в конце 40-х годов Великолукское отделение ВНИОРХа. Комплексными исследованиями было охвачено 57 озер. Сотрудники Великолукского отделения ВНИОРХа К.Н. Балашов, В.Н. Абросов, И.Д. Агапов и др. проделали большую работу по составлению кадастра озер. Ими учтено 1255 озер, а на 869 заполнены кадастровые анкеты, где для каждого озера определен профиль рыбоводной эксплуотации. В 1959 году при отделении создана Алольская экспериментальная база, задачей которой является разработка и проверка различных методов рыбоводной эксплуотации.
В 60-е годы кадастровое обследование озер северной части области проводит кафедра зоологии Псковского пединститута под руководством М.М. Мешкова. Сотрудниками кафедры составлены кадастровые анкеты на 663 озера. С целью научного обоснования рационального ведения рыбного хозяйства работники кафедр зоологии, ботаники и химии провели комплексные исследования озер Судомской возвышенности, Соротьской низины, озерной системы р. Желчи и др. Также ведется изучение Псковско-Чудского озера.
В 1963 году к изучению озер области приступила кафедра географии Псковского пединститута. Внимание кафедры привлекают вопросы генезиса и эволюции озер. Кафедрой географии проделана большая работа по определению численности и площади озер Псковской области, собран материал по морфологии, гидрологии и донным отложениям озер.
