Кормовая база зоопланктона местнымирыбами в подавляющем большинстве озер используется неэффективно. В каждом озере, населенном несколькими видами рыб, на почве усиленного потребления ракообразных, завязывается сильная конкуренция, ведущая иногда к кратковременному или длительному исчезновению в уловах вытесняемых видов или к значительному сокращению их численности.
Еще в 1854 г. академик К.М.Бэр указывал, что раньше в Чудском озере водилось гораздо больше ряпушки. В XIX столетии численность ее стала уменьшаться, зато сильно размножились в это время "пресноводные снетки". В свою очередь, массовое распространение молоди - сеголетка и годовика (окуня и плотвы) приводит к оттеснению на задний план снетка, питающегося в основном теми же представителями зоопланктона. Данное явление впервые подметил в 1941 году профессор Б.С. Грезе для валдайских озер. У нас оно очень сильно выражено не только на Псковско-Чудском водоеме, но и в Жижицком и других лещево-снетковых озерах.
Из ракообразных в планктоне озер Псковской области, по определению Г.Д. Максимовой, обитает 80 видов вариететов кладоцер и 25 видов копепод. Строгой локализации различных видов рачков к определенным типам озер нет. При прочих равных условиях плотность зоопланктона выше в более мелководных озерах, а биомасса в кг/га - в более глубоководных.
В летнее время биомасса ракообразных колеблется в значительных пределах.
Кроме того, что планктон является непосредственным кормом для рыб, он имеет большое значение в жизни водоемов. Отмирая, планктон оседает на дно и образует свежий детрит, который, в свою очередь, является субстратом для бентоса. От потребления бентоса зависит продукция рыб другой биологической группы - бентофанов (лещ, ерш, карп, язь, золотой карась и др.) Детрит - это полуразложившаяся масса растительных и животных остатков, в виде очень тонкой взвеси органических частиц. Он служит пищей для организмов бентоса, которые, подобно дождевым червям, является фильтраторами органических веществ. В этом плане наибольшее значение имеет растительный планктон (фитопланктон). В дистрофицирующихся озерах к этим двум группам присоединяется жгутиконосец - динобрион. В дистрофном типе озер господствуют динобрион, диатомеи и десмидиевые водоросли.
Самый богатый фитопланктон имеет Псковско-Чудское озеро. Р. Лаунгасте отмечает в составе его пелагического планктона 338 видов, а в составе литорального - 396 видов водорослей. Для озера Белая Струга Д.Н. Судницына в 1969 г. привела список из 165 видов водорослей, свойственных пресным водам. Наибольшее число массовых форм обнаружено среди сине-зеленых водорослей (48%), на втором месте зеленые водоросли (31,5%) и на третьем - диатомовые (15,6%). Массовые формы имеют численность, превышающую 100 тыс. экз/л, обычные - от 50 до 100 тыс. экз/л и редкие - менее 50 тыс. экз/л. Жгутиковые водоросли во всех озерах представлены очень скудно. Основная масса водорослей развивается летом. В это время биомасса их, по данным Г.М. Лаврентьевой, поднимается до 93,5 г/м3.
В наших озерах он развивается в основном в летний период после прогрева воды свыше 12 - 14 ˚C. В зимнее время в озерах фитопланктон также есть, но численность его низка. Озера эвтрофные и мезотрофные характеризуются преобладанием определенных групп водорослей (диатомеи, сине-зеленые).
В зимнее время встречается только несколько видов диатомовых и зеленых водорослей. Весною и осенью цветение воды в ряде озер вызывают диатомовые водоросли. Летнее цветение воды вызывается, как правило, сине-зелеными водорослями. По наблюдениям Р. Лаунгасте, в Псковско-Чудском водоеме цветение воды вызывают анабена, глеотрачия, афанизоменон и микроцистис. Наибольшая биомасса фитопланктона в этом водоеме наблюдается в октябре, когда до цветения развивается диатомея мелозира, исландика, хелнетика.
Фитопланктон очень сильно влияет на газовый режим озер. При фотосинтезе он расщепляет углекислый газ и обогащает воду кислородом. При отмирании фитопланктона летом может возникать резкий недостаток кислорода. В 1960 г. в Псковском озере, по мнению М.И. Семеновой, этим обстоятельством была вызвана гибель снетка. Чем сильнеецветение воды, тем больше наблюдается перенасыщение кислородом воды при фотосинтезе в дневное время. Но в ночное время потребление кислорода водорослями на дыхание может вызвать (особенно при высокой эвтрофии) значительные суточные депрессии в содержании кислорода. Известны случаи перенасыщения воды кислородом до 200 - 300%. Особенно высокое содержание кислорода днем бывает в тех озерах, в которые вносятся минеральные удобрения. Но этих же озерах, как показали наблюдения на Алольской озерной экспериментальной базе, в зимнее время возникают полные заморы рыб. Годовая продукция планктона в них так велика, что в подледный период не хватает осенних запасов кислорода на его минерализацию, что приводит к полному исчезновению кислорода и появлению сероводорода. Это явление имеет отрицательные последствия. Но его можно использовать с пользой. Если в заморное озеро не допускать после обезрыбливания захода диких рыб, то его можно использовать в качестве "пруда" для разведения карпов и других ценных рыб, используя их как рыбопитомники или угодья для товарного однолетнего нагула.